Modalidades de emisión: Por lo general, a los contribuyentes se les permiten dos modalidades de emisión de los comprobantes fiscales: Por medio de los controladores fiscales, y/o por medio de sistemas electrónicos de facturación. Cuando se opta por emitir facturas mediante sistemas electrónicos, los contribuyentes tienen tres opciones: 1. Utilizar el programa aplicativo de la AFIP, 2) Utilizar el sistema de Comprobantes en Línea y generar las facturas directamente desde el portal de la AFIP o 3) Operar con WebService mediante una aplicación personal o de mercado.  El uso de un sistema no es excluyente de los otros. Tanto el uso del aplicativo como el uso de facturación en línea solo son recomendadas para pequeños contribuyentes o profesionales con bajo nivel de facturación. Sin embargo, debe clarificarse que las pequeñas y medianas empresas adheridas al sistema de “Factura de Crédito Electrónica MiPyMEs”, deben emitir exclusivamente facturas electrónicas originales por sus operaciones con empresas grandes o con otras pequeñas empresas. En adición a estos medios de emisión, existen además los comprobantes en caso de contingencia, los cuales son autorizados en situaciones en las que no es posible emitir los anteriores.

Tipos de comprobantes: Dependiendo de quién sea el emisor y el receptor de dichos documentos, así como de la capacidad de dicho documento para sustentar créditos del IVA, dichos documentos pueden ser de varios tipos:

• Facturas y recibos clase A: Estos son emitidos por contribuyentes registrados que cumplen con los requisitos mínimos, a otros contribuyentes registrados en la AFIP. En otras palabras, estos son facturas o recibos B2B, entre contribuyentes del IVA, que sirven para sustentar créditos del IVA.
• Facturas y recibos tipo A con pago CBU informada: esta variante de las facturas tipo A son emitidas de negocio a negocio, con la particularidad de que están sujetas a retención del 50% del IVA aplicable más el 3% del impuesto a las ganancias, y deben ser pagadas a la cuenta bancaria informada por el suplidor emisor de la factura mediante la clave bancaria uniforme o CBU. Por lo general, la AFIP requiere la emisión de este tipo de factura a nuevos contribuyentes.
• Facturas y recibos tipo B: Estos documentos son emitidos por contribuyentes inscritos a consumidores finales, monotributistas y entidades exentas. Dichos comprobantes no generan crédito fiscal para el adquirente.
• Facturas y recibos tipo C: Son emitidos por entes no inscritos en el IVA, básicamente entidades y personas exentas del IVA y/o monotributistas a sus clientes en general.
• Facturas y recibos tipo M: Son emitidos por contribuyentes inscritos en el IVA a clientes también inscritos en el IVA. Sin embargo, este tipo de facturas y recibos difieren de los anteriores en el sentido de que están sujetos a retención completa del IVA por parte del comprador y deben poseer una leyenda indicando dicha situación. En adición a esto, las operaciones están sujetas a la retención del impuesto a las ganancias (generalmente 6%). Este tipo de facturas por lo general son autorizadas a contribuyentes que por primera vez solicitan autorización para emitir facturas tipo A y presentan inconsistencias.
• Facturas tipo E: Estas son las facturas de exportaciones, las cuales deben ser emitidas tanto por contribuyentes del IVA como por monotributistas.